吉尔吉斯坦一年四季气候温暖、干燥。沿岸地区7月平均气温约17℃，盆地西缘的1月气温平均约-2℃。年降水量自西向东激增，夏季从100毫米到最高410-510毫米，盆地东部常年积雪。常有强劲大风吹向湖泊，在西部风速平均每小时约145公。