不让建三层的原因是因为安全问题。

房山琉璃河自建房本身就不具备完善的结构和基础设施，三层的建筑将会增加房屋的重量和压力，可能会导致房子倒塌或者出现其他安全问题。

此外，一些私人自建房屋将挤在一起，对于消防救援和灾害预防也会带来困难。

因此，为了保障居民的生命安全和房屋的质量，不让建三层是必要的。