小儿川崎病新农合报销流程如下：

在镇村门诊看病，一般诊疗费全报。乡镇卫生院住院报销90%以上。

门诊特殊慢性病患者年度报销额度比非贫困人口多20%。

在县域内定点医院住院，免交押金，先诊疗后付费。

省市县定点医院住院合规费用报销比例，较非贫困人口多10个百分点。

新农合住院基本报销每人每年最多能报13万元。

具体报销比例和报销范围可以咨询当地新农合机构。