注销农商行普惠卡需要到银行柜台进行办理。

首先明确结论，需要到银行柜台注销农商行普惠卡。

其原因是，注销银行卡需要进行身份验证并填写相关表格，这些操作需要到银行柜台进行。

当然，在注销前还需要将卡内余额取出，并将相关手续费用缴纳清楚。

如果卡内仍有余额，可以选择将余额转到其它银行账户或现金取出。

此外，，注销银行卡前还需要确认是否存在未还清的借记卡或信用卡欠款，以免造成不必要的麻烦。