锻炼后的肌肉长时间不锻炼会退化的原因如下：

肌肉的废用性萎缩。长时间不锻炼，肌肉没有得到有效的使用，会导致肌肉体积缩小和力量下降。

激素分泌的减少。长时间不锻炼，身体的激素分泌会大量减少，如睾酮素、褪黑素等，这些激素对肌肉的增长和身体的活力有很大的影响。

脂肪的堆积。长时间不锻炼，身体会逐渐变胖，脂肪会"抢占"肌肉，导致肌肉变得更加松弛。