如果退税申请中有需要补交的税款，应该在规定的时间内将款项缴纳至税务局指定账户，以确保退税流程顺利进行。交纳方式一般可以通过网银、ATM、银行转账等方式进行。如果超过规定时间未缴纳，可能会影响退税的进程，甚至可能导致退款被拒绝。所以，退税时一定要注意查看申请材料中是否有补交税款的情况，并在规定时间内进行处理。