如果城乡医保已经断交三年，现在想要在网上缴纳，可以按照以下步骤进行：

确定所在的医保所在地，并了解该地的网上缴费方式和渠道。不同地区的医保政策和网上缴费方式可能有所不同，需要具体查询当地医保局或相关部门的官方网站或公告。

登录医保所在地的税务局官网或相关部门的网站，进入网上缴费页面。可能需要输入个人身份证号码、姓名等个人信息进行身份验证。

根据网站提示，选择缴纳医保费用的方式和金额。一般来说，可以选择使用银行卡、支付宝、微信等支付方式进行缴费。同时需要确认缴费金额和缴费周期，以确保缴费正确无误。

完成支付后，可以保存或打印缴费记录，以备后续查询或核对。同时，需要留意网站上的缴费成功提示信息，以确保缴费已经成功处理。

需要注意的是，由于不同地区的医保政策和网上缴费方式可能存在差异，以上步骤仅供参考。具体操作时，需要仔细阅读当地医保局或相关部门的官方网站或公告，并按照提示进行操作。如果有任何疑问或困难，可以联系当地医保局或相关部门的工作人员进行咨询和协助。