如果村镇房屋所有权证的面积和系统里有出入，需要及时进行核查和调整以确保数据的准确性。如果数据出现错误可能会对房产交易造成影响或引发纠纷，因此需要对数据进行详细检查和比对，找出原因并及时处理。强烈建议及时更新和维护房屋所有权证的信息，避免因此而带来的不必要的麻烦。