用友T3是一款财务管理软件，主要用于企业的财务核算和报表生成等功能。在结转的过程中出现两个主营业务收入可能有以下几个原因：

1. 数据录入错误：在数据录入的过程中，可能出现了重复录入或者录入错误的情况，导致了两个主营业务收入的情况出现。这可能是因为多个人员对同一笔业务进行了重复录入，或者在录入时发生了误操作。

2. 重复结转：在结转的过程中，可能出现了重复结转的情况，导致了两个主营业务收入的情况出现。这可能是因为在结转时操作不当，重复执行了结转操作。

3. 数据处理逻辑错误：软件在处理数据的过程中可能存在错误的逻辑处理，导致了两个主营业务收入的情况出现。这可能是软件本身的bug或者配置问题，需要与软件供应商联系确认和解决。

如果出现了两个主营业务收入的情况，建议你检查数据录入和结转的过程，排查是否存在错误。如果确认是软件问题，可以联系软件供应商或技术支持团队，寻求他们的帮助和解决方案。