对于这个问题，是否合法需要考虑具体情况。如果好处费是指工程合同中明确规定的事先协商的项目，例如技术升级、维护等，则是合法的。但如果好处费是指一种未经正常程序约定的额外报酬，例如贿赂行为，则是违法的。因此，判断是否合法需要根据具体情况进行分析，不应该将非法行为混淆到合法的行为中。