数控CF卡需要格式化为FAT32格式。FAT32是一种可靠的文件系统，兼容性较好，并且适用于各种操作系统和设备。与其他文件系统相比，FAT32可以支持更大的文件和更大的磁盘大小。同时，FAT32还具备较好的数据恢复能力，一旦文件被误删除或存储介质出现问题，也可以比较容易地恢复数据。因此，对于数控CF卡来说，FAT32格式是最为适合的格式化方式。