一般情况下，签订合同后，双方应该各自持有一份合同。但仅单位持有两份合同，合同本身仍然可能是有效的。

然而，这种情况可能存在一些潜在问题：

1.信息不对称：你可能无法方便地查阅和参考合同条款。

2.权益保障困难：在发生纠纷或争议时，你可能没有直接的合同依据。

3.单位可能擅自修改：存在单位单方面修改合同内容的风险。

为了降低风险和保护自己的权益，你可以采取以下措施：

1.要求取得副本：向单位索取一份合同副本，以确保你也有一份正式的合同。

2.保留相关证据：如沟通记录、邮件等，以证明合同的存在和内容。

3.了解合同内容：与单位沟通，确保你清楚合同中的重要条款和自己的权利义务。

4.提出质疑或协商：如果对合同存在疑问或担忧，及时与单位进行沟通和协商。

5.遵循合同约定：无论是你还是单位，都应严格按照合同约定履行义务。

6.寻求法律帮助：如果遇到重大问题或纠纷，可以咨询法律专业人士的意见。

总之，虽然合同可能有效，但单位持有两份合同可能会给你带来一定的不便和风险。建议你采取适当的措施来保护自己的权益。