如果支付宝备用金500还款被错误地扣了两次，多扣的部分是可以申请退还的。

你可以通过以下步骤申请退款：

打开支付宝应用，进入“我的”页面，找到“账单”选项，点击进入。

在账单页面中，找到被重复扣款的备用金还款记录，点击进入。

在还款记录页面中，找到“申请退款”选项，点击进入。

根据页面提示，填写相关信息并提交退款申请。

等待支付宝客服审核并处理你的退款申请。

需要注意的是，退款申请的成功与否取决于具体情况，如果是因为支付宝系统错误导致的重复扣款，一般情况下是可以成功退款的。但如果是因为个人操作失误导致的重复扣款，可能需要提供更多的证据和信息来支持退款申请。

如果遇到困难或疑问，可以联系支付宝客服寻求帮助。