跑步时足弓磨出水泡的主要原因是运动时脚部与鞋子之间的摩擦。当脚部与鞋子不适配，或者鞋子摩擦力较大时，会导致脚部皮肤受到摩擦而磨出水泡。

此外，跑步时长时间的摩擦和压力也会对足部皮肤产生影响，因此，为了避免足弓磨出水泡，应选择合适的跑步鞋，尽量避免跑步时长时间保持同一姿势，较长时间跑步后应及时更换鞋子或缓解足部疲劳。