武器装备不同、外观不同。

1、飞翼高达是TV版的最终机体，设计特点是背负着两个翼状的武器。飞翼零式是剧场版无尽的华尔兹中的机体，最大特点是搭载的“零式系统（领域化和情绪截断系统）”，是以脑控系统的模式直接进行与驾驶员之间的互动操纵，以大幅度强化机体自身的反应速度和战斗能力。

2、飞翼高达不能变形；飞翼零式可以变形。