起针96针的宝宝连体衣，在分肩时需要根据具体的衣服设计和宝宝的体型来确定每边应该有多少针。通常，分肩的针数会是总针数的一半减去一些额外的针数，以便为肩部和领口留出足够的空间。

假设我们为每个肩部留出6针的余量，那么每个肩部将需要(96针 - 12针) / 2 = 42针的针数。所以，每个肩部应该起42针。

但是，这只是一个基本的估计，实际的针数可能会因为衣服的设计、织物的伸缩性、宝宝的体型等因素而有所不同。建议在分肩前试穿或测量宝宝的肩部宽度，以确保衣服合适。

同时，为了确保衣服的舒适度和美观度，建议在分肩时注意领口和肩部的形状和大小，避免出现过紧或过松的情况。如果可能的话，可以先织制一个小样片来测试针数和织物的伸缩性，以确保最终的衣服尺寸和形状符合要求。

总之，宝宝连体衣领子起96针时，每边肩部的针数需要根据具体情况来确定。建议在织制过程中注意细节和试穿，以确保最终的衣服舒适、美观且合身。