生物过滤箱采用的过滤材料是生物球、多孔玻璃陶瓷环、陶瓷柱等，它主要是过滤水中的氨、亚硝酸盐等，它是利用硝化细菌的生命活动，将溶于水中的氨、亚硝酸盐转化为对鱼类无害的硝酸盐、氮气等，这是海水更深层次的过滤，也是海水的第三级过滤。海水经过三级过滤后，水中的不溶性杂质和溶于水的有害物质，都会被有效地过滤清除掉，只有这样的海水，才可长期饲养海水观赏鱼。