笛子E、F、G调的区别主要体现在音色和音域两个方面。

音色：E调笛子音色偏丝竹感，F调笛子音色偏悠扬，G调笛子音色高亢、明亮。

音域：E调和F调笛子都适合吹奏中音域的曲调，适用于独奏或合奏，常用于江南丝竹、苏南吹打等地方音乐。而G调笛子则适合吹奏高音域的曲调，主要流行在北方，多用于北方的吹歌会、评剧和梆子戏曲。

综上所述，笛子E、F、G调的区别主要在于音色和音域的不同，演奏者可以根据具体的音乐需求和场合选择合适的调性。