我国转基因大豆主要分布在东北、华北和东部沿海地区。其中，黑龙江、辽宁、吉林等东北地区是转基因大豆的主产区，占全国总产量的70%以上。

在华北地区，山东、河北、河南等省也种植了一定数量的转基因大豆。东部沿海地区分布比较广泛，包括江苏、浙江、福建等省份，主要是受外来种子和技术引进的影响。同时，我国也有在西南地区进行转基因大豆试种的情况。