东疆港凌晨可以通过以下两种方式进入：1. 通过班轮进入：东疆港是中国最大的集装箱码头之一，各大船公司都有班轮服务。

在凌晨时段，一些班轮船只仍旧在运营，可以通过班轮进入港口。

2. 联系码头管理方进入：如果没有班轮服务，可以直接联系东疆港的码头管理方，预约凌晨进入。

需要提前取得许可证，进行安全检查，遵守港口进出规定。