根据国家税务总局的规定，专项扣除填写完毕后，是不会立即生效的。税务部门需要核实并审核纳税人填写的内容，然后将专项扣除信息更新到个人所得税预扣率系统中。只有在下一个纳税周期开始时，才会按照新的个人所得税预扣率进行扣缴，从而享受专项扣除优惠。因此，纳税人在填写专项扣除时，需要提前做好规划和预算，以便避免对个人财务造成不必要的困扰或影响。