如果一个咨询公司的注册资金为100万，但实缴金额为300万，需要进行以下账务处理：

1. 将实缴金额记入公司的银行账户，并记录实缴资本的增加。

2. 根据公司的业务需求，将部分实缴金额用于公司的日常运营，如支付员工工资、租金、购买办公用品等，需要在账面上进行相应的记录。

3. 如果公司有借款或债务，需要将部分实缴金额用于偿还债务，也需要在账面上进行相应的记录。

4. 在每个会计期间结束时，需要进行财务审计，确保公司的账务处理正确，并符合相关法律法规的规定。

总之，实缴金额超过注册资金的部分也需要按照公司的正常业务进行账务处理，确保公司的财务状况真实、准确、完整。