尼尔斯得知恢复人形的秘密是通过得到一朵野鹤花，并在半夜里到湖边等待野鹤的到来，跟着它进入花丛之中，用花肉涂抹在眼睛上就可以看到妖精之后转化成人形的过程。

同时，他还需要点燃花的火种，跳进湖中，被湖水一冲洗去，就可以变回人形。这是尼尔斯在成为小飞鹤后，经过梦中的旅行和历练，获得的神秘力量和知识。

通过这个秘密，他成功恢复了人形，回到了自己的家乡和亲人身边。