肉蝇的天敌包括许多食肉性昆虫，如黄蜂、苍蝇、大头蚁、蚊子等，它们通过捕食肉蝇和它们的幼虫来控制肉蝇的数量。此外，一些鸟类和爬行动物也能够捕食肉蝇。在人类居住区域，肉蝇的数量浸久以来受到人工控制，而大量种植冬花和臭兰等植物，也能够吸引肉蝇的天敌，帮助控制肉蝇的数量。