农村自建房想加层，需要先向所在村委会提出申请，获得同意后，再向县建设局进行规划和设计，并进行施工前的安全评估。

完成以上程序后，到当地房产管理中心进行房屋登记并申请相关手续，如房屋宅基地使用证和房屋质量监督检测报告等。最后，向有关部门申请验收合格，办理新房屋产权证。