巴塘自然保护区内幸存着全世界濒临绝迹的矮岩羊100余只，属四川省重点保护野生动物矮岩羊的繁殖地。有国家一类保护动物白唇鹿和黑金丝猴,国家二类保护动物雪豹、藏羚、盘羊、藏马鸡等