有三个来源：一是地表径流，邛海周边各溪流及其区域范围的地表径流为邛海补充了大量水源；二是大气降水，邛海水面34平方公里吸收着大量大气降水；三是地下径流，湖周冲积扇层间有大量地下水，以及少量的喀斯特裂隙水，也为邛海补充了水源