要清除360手机卫士中的应用图标上的消息，可以按以下步骤操作：

首先，长按应用图标，再出现的弹窗中选择“移除角标”，之后再次长按应用图标，选择“清除所有消息”，这样即可清除该应用的所有消息通知。

若依然存在消息，可进入应用设置中查看是否仍有未读消息或开启了一些含有消息的功能，需要将其关闭或标记已读才能完成清除操作。