最著名的河流是柔佛海峡的槟城河。槟城河是马来西亚的第二长河，全长243公里，它纵向地跨在槟岛之上，将槟岛分为北南两部分。槟城河流经槟岛北部的乔治市，最后流入马六甲海峡。