申请农业设施厂房需要先了解当地的法律法规，根据实际情况确定厂房的规划和用途，并提交相关的申请材料，如用地申请、厂房规划设计方案等。

同时还需要考虑厂房建设所需的资金、技术和人力资源，选择合适的建筑企业进行施工建设。

在建设过程中要按照规定进行监督检查，确保符合环保、消防等法律法规要求，最终通过相关部门的验收后才能正式投入使用。