摩托车充电自停后通常不会继续扣费。摩托车充电的扣费方式一般是充满自停后扣费，即先充电后扣费。因此，当摩托车充电自停时，充电过程已经结束，不会继续扣费。

然而，具体的扣费方式可能因充电设施、运营商或地区而有所差异。为了确保准确了解扣费情况，建议查阅相关运营商的使用说明或咨询当地的服务人员。

此外，在使用充电设施时，也应注意安全使用和遵守相关规定，确保摩托车和充电设施的安全。